在线绘制带连线的配体-受体联合热图

导读以带基因连线的联合热图展示配体和受体的表达及互作信息一张图融合表达信息、互作关系便于快速锁定关键信号对。《Journal of the American Society of Nephrology》文章Advantages of Single-Nucleus over Single-Cell RNA Sequencing of Adult Kidney: Rare Cell Types and Novel Cell States Revealed in Fibrosis. Fig 4F以双热图展示配体左与受体右在9种细胞群中的特异性表达红高青低中间连线标示互作关系。一张图同时整合了表达丰度、细胞来源、已知Bmp6等及新型Sema3c等信号通路便于快速跨细胞群比较并直观锁定关键配体-受体对。除了可以用于单细胞结果可视化外还可以用于多组学联合分析结果可视化例如转录组和代谢组等。注该图有点小bug基因和点没有准确对齐微生信网站修复了这个小bug。1打开作图URLhttps://www.bioinformatics.com.cn/plot_ligand_receptor_dual_heatmap_with_links_297图2.绘图页面2示例数据点击图片上方的示例数据下载并使用excel打开。图3. 示例数据示例数据包括3部分左侧热图数据第一列是基因名其余列是不同细胞群中配体基因的表达值应包含 1 列基因名 至少3 列表达数据以保证z-score转换的有效性。右侧热图数据第一列是基因名其余列是不同细胞群中受体基因的表达值应包含 1 列基因名 3 列或以上表达数据列以保证z-score转换的有效性。中间互作数据第一列是左侧配体的基因名第二列是右侧受体的基因名。其中第一行的Ligand和Receptor分别是左侧热图和右侧热图的标题注左右热图的行数或列数可以相同也可以不同3输入检查示例数据点击输入框下面的“示例”按钮将载入示例数据。真实数据数据放在excel中调整好后CtrlA选中数据CtrlC拷贝CtrlV将数据粘贴到输入框中。图4. 载入数据输入检查然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤直到检查通过如下图所示然后可以继续选择其他参数。图5.输入检查结果.注输入检查是新添加的功能它会根据不同模块的输入要求逐行逐列检查输入数据并给出提示以确保数据符合模块输入要求。建议每次提交前先进行输入检查。4选择参数图6.绘图参数图片大小设置了图片宽度图片高度参数颜色设置了左、右热图的低、中、高三种颜色中间左右两列点的颜色连线颜色跟随点的颜色从左到右渐变各部分宽度和高度设置了左侧热图中间点和连线右侧热图3部分的宽度根据数据的不同列数调整为合理的比例设置了热图高度参数用于控制热图的高度左、右热图高度一致但行数可以相同也可以不同需要配合图片高度参数使用图例设置了图例最大值参数用于控制热图的颜色深浅越大颜色越浅。默认为2即热图colorbar的刻度是[-2,-1,0,1,2]对称分布图例的水平位置垂直位置参数用于对colorbar的位置进行微调基因名到点的距离设置了左侧基因名到左侧点的距离右侧基因名到右侧点的距离值越大点距离基因名越远点越靠中间。用于对中间两排点的位置进行微调。字体大小分别设置了行名基因名的字体大小列名细胞类型的字体大小热图标题Ligand和Receptor的字体大小图例z-score的字体大小图例刻度的字体大小热图列名旋转角度用于控制列名文字的角度左右空白宽度当列名进行旋转时增加空白宽度可以避免列名文字被截断中间连线类型可以选择渐变直线或者渐变曲线网格线选择显示热图的白色网格线时视觉上更能区分不同行不同列字体设置了期刊杂志中最常用的两种字体Times New Roman和Arial。如需使用其他字体可以下载pdf或者svg图片然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改5提交出图检查通过并且参数选好后点击“提交”按钮约5s后会在页面上显示带连线的联合热图。我们提供了pdf、svg两种矢量图png、tiff两种标量图供大家下载使用。图7.预览图请使用Acrobat Illustratorinkscape等软件编辑矢量图pdf或svg进行组图调整文字、图像元素位置字体添加说明等操作以满足个性化需求。微生信助力高分文章谷歌学术9500