DepMap（DepMap Portal）数据集说明

张开发
• 2026/4/14 23:48:28 • 15 分钟阅读

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DepMap（DepMap Portal）数据集说明
它是 Broad Institute 的Cancer Dependency Map癌症依赖图谱门户核心目标是给研究者开放提供癌症细胞系的关键依赖性数据、分析工具和可视化工具用来发现癌症的脆弱点和潜在治疗靶点。某个癌症在什么基因上有生存依赖这种依赖是否能作为药物靶点是否只出现在特定分子背景下它主要有什么用查癌症细胞系依赖性也就是看某个基因对哪些癌细胞系是“必需”的。最典型的是基于大规模CRISPR screen的 gene dependency 数据常用来找潜在药物靶点。首页就明确提到 “discover genetic and pharmacological dependencies” 和 “find the most selective/predictable gene dependencies”。(depmap.org)整合多组学数据DepMap 不只是依赖性分数还整合了多种 omics 数据。首页当前 release highlights 里就写了 genome-wide CRISPR screens、omics、mutation pipeline、以及 proteomics 数据。(depmap.org)做生物标志物和肿瘤背景分析比如看某个依赖是否只在特定癌种、特定突变背景、特定表达状态下出现。首页把这类用途写成 “prioritize tumor contexts and predictive biomarkers” 和 Context Explorer。(depmap.org)做靶点发现你可以从基因、药物、细胞系、癌种背景出发找更有选择性、更可预测的靶点。门户里专门有Target Discovery工具。(depmap.org)下载公开数据做二次分析这是你这个 data page 最直接的用途。你可以下载当前版本或者历史版本的数据矩阵自己在本地做基因依赖分析突变/表达/拷贝数与依赖性的关联药物敏感性建模细胞系筛选与基准测试门户首页明确写了可以下载 current release 和 past data。(depmap.org)数据下载链接https://depmap.org/portal/data_page/?taballData

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