【STILT模型实操第1期】STILT模型安装：环境配置及安装

目录1. 系统环境与依赖要求 (Prerequisites)2. 安装 R 语言控制包错误1Error: package ‘usethis’ 1.6.3 was found, but 2.0.1 is required by ‘devtools’3. 初始化并下载模型4. 运行 Setup 脚本 (核心安装步骤)参考STILT模型安装的完整流程可参见另一博客-【STILT模型第2.2期】STILT模型安装环境配置及安装。本博客记录本人在服务器上编译安装 STILT 模型的完整流程。1. 系统环境与依赖要求 (Prerequisites)1、使用 conda 安装 R 环境# R3.6版本过旧不推荐使用conda create-nstilt_env-cconda-forge r-base3.6# 更新 R 版本condainstall-cconda-forge r-base4.2r-usethis2.1.6 r-devtools r-dplyr r-ggplot2 r-readr环境创建完成后激活它sourceactivate stilt_env conda activate stilt_env查看 R 版本等信息conda list r-basewhichR# 输出内容/home/wanzhou/miniconda3/envs/stilt_env/bin/R2、安装所需库包环境库包1devtools方式1使用 conda 安装 devtoolscondainstallr-devtools condainstall-cconda-forge r-devtools-y方式2使用 R环境 安装 devtoolsinstall.packages(devtools,reposhttp://cran.r-project.org)库包2NetCDF 库 (C/Fortran)condainstalllibnetcdf netcdf-fortran-y库包3NetCDF 库 (C/Fortran)ERROR: dependencies ‘dplyr’, ‘ggplot2’, ‘readr’ are not availableforpackage ‘uataq’stilt_env 环境下运行condainstall-cconda-forge r-dplyr r-ggplot2 r-readr-y注意Conda 中的 R 包名通常以 r- 开头。2. 安装 R 语言控制包打开 R 控制台或 RStudio运行以下命令安装该包devtools::install_github(benfasoli/uataq)# 确保 devtools 已加载library(devtools)install_github(uataq/uataq, dependenciesTRUE)【更新R为4.2版本后】再次运行此命令界面如下按照安装说明更新所有库包花费时间还蛮久测试是否安装成功library(uataq)# 查看版本 packageVersion(uataq) # 查看作者、描述信息或依赖项 packageDescription(uataq)错误1Error: package ‘usethis’ 1.6.3 was found, but 2.0.1 is required by ‘devtools’报错内容如下方式1使用 conda 更新版本condainstall-cconda-forge r-usethis2.0.1方式2尝试在 R 内部强制覆盖安装install.packages(usethis, reposhttps://cran.r-project.org)执行完上面的 Conda 更新命令后再次进入 R 检查一下packageVersion(usethis)3. 初始化并下载模型在 R 中加载 uataq 包并使用 stilt_init() 函数在指定的目录下创建一个新的 STILT 项目。这一步会自动从 GitHub 拉取 STILT 的最新框架代码sourceactivate stilt_envcd/data/wanzhou/STILT/ Rlibrary(uataq) # 将 my_stilt_project 替换为您想要创建的文件夹名称 stilt_init(my_stilt_project) stilt_init(1_stilt_test_project)4. 运行 Setup 脚本 (核心安装步骤)进入刚刚生成的项目文件夹需要运行内置的 setup 脚本。该脚本会自动检查系统依赖编译必要的动态链接库并配置底层的可执行文件。在终端Terminal中执行cd/data/wanzhou/STILT/1_stilt_test_project/ ./setup参考